Die Mühle Backemoor ist seit 1798 als Standort einer Galeriewindmühle bekannt. Der vorhandene massive Unterbau stammt aus dieser Zeit. Gebaut wurde die eingeschossige Peldemühle vom Mühlenbauern Poppe Janssen aus Esens.

Zu einer dreigeschossigen Getreidemühle wurde sie von Johannes Müller im Jahr 1929 aufgestockt.  

Im Jahr 1945 wurden Flügel, Achtkant und Kappe durch ein Schadensfeuer vollständig vernichtet. Ab 1947 wurde die Mühle wiederaufgebaut. 

1975 wurde der Oberbau bei Reparaturarbeiten wiederum durch ein Feuer zerstört. Ein Teil des Mühlenbetriebes wurde nach Leer verlagert. Annäus Müller, Enkel von Johannes Müller, rekonstruierte den gesamten Oberbau mit Achtkant, Kappe und Flügeln. Es entstand eine funktionstüchtige Windmühle zur Getreideverarbeitung nach historischen Vorbildern des 19. und 20. Jahrhunderts.

Mittlerweile ist die Mühle im Besitz der Gemeinde Rhauderfehn. Der Mühlenverein Backemoor gründete sich 1991 mit dem Ziel die Mühle zu erhalten.